Analiza DNA
Informacje ogólne
Kod przedmiotu: | 1600-DLAC6DA |
Kod Erasmus / ISCED: | (brak danych) / (brak danych) |
Nazwa przedmiotu: | Analiza DNA |
Jednostka: | Wydział Biologii i Ochrony Środowiska |
Grupy: | |
Punkty ECTS i inne: |
0 LUB
3.00
(w zależności od programu)
|
Język prowadzenia: | polski |
Wymagania wstępne: | biegłe posługiwanie się językiem nowożytnym w mowie i piśmie, umiejętności myślenia przyczynowo-skutkowego, analizy i syntezy, korzystania z biblioteki, co najmniej podstawowe wiadomości z zakresu struktury i funkcji kwasów nukleinowych |
Skrócony opis: |
Cel przedmiotu: zaznajomienie studenta z podstawowymi zagadnieniami związanymi z analizą DNA, zapoznanie studenta z wykorzystaniem w praktyce wiedzy o technikach analizy DNA w nauce, medycynie i przemyśle, doskonalenie umiejętności analizy, syntezy i prezentowania problemów etycznych stosowania technik analizy DNA |
Efekty uczenia się: |
EW1 - Wymienia źródła literatury przedmiotu EW2 - Opisuje metody amplifikacji i sekwencjonowania DNA EW3 - Wymienia techniki izolacji i przechowywania kwasów nukleinowych EW4 - Charakteryzuje podstawowe techniki analizy DNA oparte na rozdziale elektroforetycznym i hybrydyzacji i z wykorzystaniem enzymów restrykcyjnych EW5 - Opisuje metody amplifikacji i sekwencjonowania DNA EW6 - Klasyfikuje markery genetycznymi na podstawie ich cech charakterystycznych EW7 - Wyjaśnia metody identyfikacji osobniczej i gatunkowej na podstawie analizy markerów DNA EU1 - prezentuje wybrane problemy analizy DNA z wykorzystaniem języka specjalistycznego EU2 - dyskutuje na wybrane tematy dotyczące analizy DNA EU3 - stosuje metody analizy DNA EU4 - krytycznie analizuje wyniki badań genetycznych i przedstawia je w postaci raportu EU5 - przedstawia argumenty na rzecz uczenia się przez całe życie EK1 – tworzy wspólne projekty badawcze EK2 - opisuje dynamiczny rozwój studiowanej dyscypliny wiedzy Przedmiotowe efekty kształcenia są spójne z następującymi kierunkowymi efektami , kształcenia: 16A-1A_W02, 16A-1A_W03, 16A-1A_W04, 16A-1A_W09, 16A-1A_W10, 16A-1A_W12, 16A-1A_W13, 16A-1A_U02, 16A-1A_U03, 16A-1A_U06, 16A-1A_U07, 16A-1A_U12, 16A-1A_U13, 16A-1A_U14, 16A-1A_U15, 16A-1A_U16, 16A-1A_K01, 16A-1A_K02, 16A-1A_K03, 16A-1A_K04, 16A-1A_K05, 16A-1A_K06, 16A-1A_K07, 16A-1A_K09 |
Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2023/2024" (w trakcie)
Okres: | 2024-02-26 - 2024-09-30 |
Przejdź do planu
PN WT ŚR CZ PT |
Typ zajęć: |
Laboratorium, 30 godzin
Wykład, 14 godzin
|
|
Koordynatorzy: | Katarzyna Woźniak | |
Prowadzący grup: | Michał Juszczak, Katarzyna Woźniak | |
Lista studentów: | (nie masz dostępu) | |
Zaliczenie: |
Przedmiot -
Zaliczenie lub ocena
Laboratorium - Ocena zgodna z regulaminem studiów Wykład - Zaliczenie lub ocena |
|
Metody dydaktyczne: | Ćwiczenia laboratoryjne, wykłady |
|
Sposoby i kryteria oceniania: | 1. ocena przygotowania studenta do poszczególnych zajęć laboratoryjnych (sprawdzian „wejściowy”); 2. ocena umiejętności związanych z realizacją ćwiczeń laboratoryjnych; 3. ocena sprawozdania przygotowywanego częściowo w trakcie zajęć, a częściowo po ich zakończeniu; ocena ta obejmuje także umiejętność pracy w zespole; 4. ocena wiedzy i umiejętności wykazanych na sprawdzianie i/lub egzaminie pisemnym/ustnym o charakterze problemowym (student może korzystać z dowolnych materiałów dydaktycznych). |
|
Treści kształcenia: | Nazewnictwo wariantów sekwencji DNA, RNA i białek Pobieranie materiału biologicznego. Przechowywanie i przewożenie próbek Izolacja DNA Izolacja RNA Ilościowa i jakościowa ocena preparatów DNA i RNA Elektroforeza kwasów nukleinowych Barwienie DNA srebrem Enzymy restrykcyjne, hydroliza genomowego DNA i przygotowywanie końców DNA do klonowania Hybrydyzacja DNA z sondami molekularnymi. Metoda Southerna Odcisk genetyczny Hybrydyzacja typu northern Reakcja łańcuchowa polimerazy (PCR) Metoda odwrotnej reakcji PCR (IPCR). Oznaczanie sekwencji oskrzydlających gen Amplifikacja całego genomu (WGA) Charakterystyka regionów DNA o częściowo znanej strukturze Klonowanie produktów PCR Identyfikacja transformantów bakteryjnych metodą kolonijnej reakcji PCR PCR w czasie rzeczywistym Synteza cDNA na matrycy całkowitego RNA Przygotowywanie i przeszukiwanie bibliotek cDNA Biblioteki DNA konstruowane z minimalnej ilości materiału Wykrywanie mutacji punktowych i polimorfizmu DNA metodą SSCP Wykrywanie mutacji metodą heterodupleksów Wykrywanie mutacji metodą DHPLC PCR multipleks Wykrywanie delecji i duplikacji metodą MLPA Analiza powtórzeń minisatelitarnych w DNA Analiza powtórzeń dinukleotydów (CA)n Analiza powtórzeń trinukleotydów Poszukiwanie powtórzeń trinukleotydów w genomie człowieka Analiza powtórzeń tetranukleotydów Badania DNA w medycynie sądowej Przykłady genotypowań Poszukiwanie markerów cech użytkowych metoda RAPD-PCR Test terminacji translacji (PTT) Analiza międzygatunkowej homologii DNA i białka Archeologia molekularna Analiza sekwencji mitochondrialnego DNA z materiału wykopaliskowego Sekwencjonowanie DNA Sekwencjonowanie DNA - elektroforeza płytowa Sekwencjonowanie DNA – elektroforeza kapilarna Pirosekwencjonowanie – sekwencjonowanie w czasie rzeczywistym Analiza asocjacji w poszukiwaniu genów chorób uwarunkowanych wielogenowo Analiza uwarunkowań genetycznych sportowców Porównanie ekspresji genów na poziomie transkrypcji metodą różnicową Ocena ekspresji genów z zastosowaniem mikro- i makromacierzy cDNA Ekspresja eukariotycznych genów w bakteriach Ukierunkowana mutageneza z zastosowaniem megastartera Analiza modyfikowanych nukleozydów metodą chromatografii cienkowarstwowej Analiza metylacji DNA Mapowania genów z zastosowaniem fluorescencyjnej hybrydyzacji in situ (FISH) Przyżyciowe wykrywanie apoptozy w komórkach somatycznych Analiza pęknięć nici DNA metodą elektroforezy pojedynczych komórek (comet assay) Wykrywanie fragmentacji DNA metodą TUNEL Analiza aberracji chromosomowych w chorobach nowotworowych metodą porównawczej hybrydyzacji genomów (CGH) Metoda array-CGH |
|
Literatura: |
Analiza DNA – Teoria i Praktyka, 2008 pod redakcją Ryszarda Słomskiego Praca zbiorowa Wydawnictwo Uniwersytetu Przyrodniczego w Poznaniu ISBN 978-83-7160-496-6 Markery Molekularne - John C. Avise Wydawnictwo Uniwersytetu Warszawskiego 2008 ISBN 978-83-235-0554-9 Genetyka medyczna - Edward Tobias, Michael Connor, Malcolm Ferguson-Smith Wydawnictwo Lekarskie PZWL ISBN:9788320044492, 3013 Biologia molekularna w medycynie, 2015 pod redakcją Jerzego Bala, PWN ISBN 8301147037 |
Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2022/2023" (zakończony)
Okres: | 2023-02-20 - 2023-09-30 |
Przejdź do planu
PN WT ŚR CZ PT |
Typ zajęć: |
Laboratorium, 30 godzin
Wykład, 14 godzin
|
|
Koordynatorzy: | Katarzyna Woźniak | |
Prowadzący grup: | Michał Juszczak, Paulina Tokarz, Katarzyna Woźniak | |
Lista studentów: | (nie masz dostępu) | |
Zaliczenie: |
Przedmiot -
Zaliczenie lub ocena
Laboratorium - Ocena zgodna z regulaminem studiów Wykład - Zaliczenie lub ocena |
|
Metody dydaktyczne: | Ćwiczenia laboratoryjne, wykłady |
|
Sposoby i kryteria oceniania: | 1. ocena przygotowania studenta do poszczególnych zajęć laboratoryjnych (sprawdzian „wejściowy”); 2. ocena umiejętności związanych z realizacją ćwiczeń laboratoryjnych; 3. ocena sprawozdania przygotowywanego częściowo w trakcie zajęć, a częściowo po ich zakończeniu; ocena ta obejmuje także umiejętność pracy w zespole; 4. ocena wiedzy i umiejętności wykazanych na sprawdzianie i/lub egzaminie pisemnym/ustnym o charakterze problemowym (student może korzystać z dowolnych materiałów dydaktycznych). |
|
Treści kształcenia: | Nazewnictwo wariantów sekwencji DNA, RNA i białek Pobieranie materiału biologicznego. Przechowywanie i przewożenie próbek Izolacja DNA Izolacja RNA Ilościowa i jakościowa ocena preparatów DNA i RNA Elektroforeza kwasów nukleinowych Barwienie DNA srebrem Enzymy restrykcyjne, hydroliza genomowego DNA i przygotowywanie końców DNA do klonowania Hybrydyzacja DNA z sondami molekularnymi. Metoda Southerna Odcisk genetyczny Hybrydyzacja typu northern Reakcja łańcuchowa polimerazy (PCR) Metoda odwrotnej reakcji PCR (IPCR). Oznaczanie sekwencji oskrzydlających gen Amplifikacja całego genomu (WGA) Charakterystyka regionów DNA o częściowo znanej strukturze Klonowanie produktów PCR Identyfikacja transformantów bakteryjnych metodą kolonijnej reakcji PCR PCR w czasie rzeczywistym Synteza cDNA na matrycy całkowitego RNA Przygotowywanie i przeszukiwanie bibliotek cDNA Biblioteki DNA konstruowane z minimalnej ilości materiału Wykrywanie mutacji punktowych i polimorfizmu DNA metodą SSCP Wykrywanie mutacji metodą heterodupleksów Wykrywanie mutacji metodą DHPLC PCR multipleks Wykrywanie delecji i duplikacji metodą MLPA Analiza powtórzeń minisatelitarnych w DNA Analiza powtórzeń dinukleotydów (CA)n Analiza powtórzeń trinukleotydów Poszukiwanie powtórzeń trinukleotydów w genomie człowieka Analiza powtórzeń tetranukleotydów Badania DNA w medycynie sądowej Przykłady genotypowań Poszukiwanie markerów cech użytkowych metoda RAPD-PCR Test terminacji translacji (PTT) Analiza międzygatunkowej homologii DNA i białka Archeologia molekularna Analiza sekwencji mitochondrialnego DNA z materiału wykopaliskowego Sekwencjonowanie DNA Sekwencjonowanie DNA - elektroforeza płytowa Sekwencjonowanie DNA – elektroforeza kapilarna Pirosekwencjonowanie – sekwencjonowanie w czasie rzeczywistym Analiza asocjacji w poszukiwaniu genów chorób uwarunkowanych wielogenowo Analiza uwarunkowań genetycznych sportowców Porównanie ekspresji genów na poziomie transkrypcji metodą różnicową Ocena ekspresji genów z zastosowaniem mikro- i makromacierzy cDNA Ekspresja eukariotycznych genów w bakteriach Ukierunkowana mutageneza z zastosowaniem megastartera Analiza modyfikowanych nukleozydów metodą chromatografii cienkowarstwowej Analiza metylacji DNA Mapowania genów z zastosowaniem fluorescencyjnej hybrydyzacji in situ (FISH) Przyżyciowe wykrywanie apoptozy w komórkach somatycznych Analiza pęknięć nici DNA metodą elektroforezy pojedynczych komórek (comet assay) Wykrywanie fragmentacji DNA metodą TUNEL Analiza aberracji chromosomowych w chorobach nowotworowych metodą porównawczej hybrydyzacji genomów (CGH) Metoda array-CGH |
|
Literatura: |
Analiza DNA – Teoria i Praktyka, 2008 pod redakcją Ryszarda Słomskiego Praca zbiorowa Wydawnictwo Uniwersytetu Przyrodniczego w Poznaniu ISBN 978-83-7160-496-6 Markery Molekularne - John C. Avise Wydawnictwo Uniwersytetu Warszawskiego 2008 ISBN 978-83-235-0554-9 Genetyka medyczna - Edward Tobias, Michael Connor, Malcolm Ferguson-Smith Wydawnictwo Lekarskie PZWL ISBN:9788320044492, 3013 Biologia molekularna w medycynie, 2015 pod redakcją Jerzego Bala, PWN ISBN 8301147037 |
Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2021/2022" (zakończony)
Okres: | 2022-02-21 - 2022-09-30 |
Przejdź do planu
PN WT ŚR CZ PT |
Typ zajęć: |
Laboratorium, 30 godzin
Wykład, 14 godzin
|
|
Koordynatorzy: | Tomasz Popławski | |
Prowadzący grup: | Grzegorz Galita, Michał Juszczak, Tomasz Popławski, Paulina Tokarz, Daniel Wysokiński | |
Lista studentów: | (nie masz dostępu) | |
Zaliczenie: |
Przedmiot -
Zaliczenie lub ocena
Laboratorium - Ocena zgodna z regulaminem studiów Wykład - Zaliczenie lub ocena |
|
Metody dydaktyczne: | Ćwiczenia laboratoryjne, wykłady |
|
Sposoby i kryteria oceniania: | 1. ocena przygotowania studenta do poszczególnych zajęć laboratoryjnych (sprawdzian „wejściowy”); 2. ocena umiejętności związanych z realizacją ćwiczeń laboratoryjnych; 3. ocena sprawozdania przygotowywanego częściowo w trakcie zajęć, a częściowo po ich zakończeniu; ocena ta obejmuje także umiejętność pracy w zespole; 4. ocena wiedzy i umiejętności wykazanych na sprawdzianie i/lub egzaminie pisemnym/ustnym o charakterze problemowym (student może korzystać z dowolnych materiałów dydaktycznych). |
|
Treści kształcenia: | Nazewnictwo wariantów sekwencji DNA, RNA i białek Pobieranie materiału biologicznego. Przechowywanie i przewożenie próbek Izolacja DNA Izolacja RNA Ilościowa i jakościowa ocena preparatów DNA i RNA Elektroforeza kwasów nukleinowych Barwienie DNA srebrem Enzymy restrykcyjne, hydroliza genomowego DNA i przygotowywanie końców DNA do klonowania Hybrydyzacja DNA z sondami molekularnymi. Metoda Southerna Odcisk genetyczny Hybrydyzacja typu northern Reakcja łańcuchowa polimerazy (PCR) Metoda odwrotnej reakcji PCR (IPCR). Oznaczanie sekwencji oskrzydlających gen Amplifikacja całego genomu (WGA) Charakterystyka regionów DNA o częściowo znanej strukturze Klonowanie produktów PCR Identyfikacja transformantów bakteryjnych metodą kolonijnej reakcji PCR PCR w czasie rzeczywistym Synteza cDNA na matrycy całkowitego RNA Przygotowywanie i przeszukiwanie bibliotek cDNA Biblioteki DNA konstruowane z minimalnej ilości materiału Wykrywanie mutacji punktowych i polimorfizmu DNA metodą SSCP Wykrywanie mutacji metodą heterodupleksów Wykrywanie mutacji metodą DHPLC PCR multipleks Wykrywanie delecji i duplikacji metodą MLPA Analiza powtórzeń minisatelitarnych w DNA Analiza powtórzeń dinukleotydów (CA)n Analiza powtórzeń trinukleotydów Poszukiwanie powtórzeń trinukleotydów w genomie człowieka Analiza powtórzeń tetranukleotydów Badania DNA w medycynie sądowej Przykłady genotypowań Poszukiwanie markerów cech użytkowych metoda RAPD-PCR Test terminacji translacji (PTT) Analiza międzygatunkowej homologii DNA i białka Archeologia molekularna Analiza sekwencji mitochondrialnego DNA z materiału wykopaliskowego Sekwencjonowanie DNA Sekwencjonowanie DNA - elektroforeza płytowa Sekwencjonowanie DNA – elektroforeza kapilarna Pirosekwencjonowanie – sekwencjonowanie w czasie rzeczywistym Analiza asocjacji w poszukiwaniu genów chorób uwarunkowanych wielogenowo Analiza uwarunkowań genetycznych sportowców Porównanie ekspresji genów na poziomie transkrypcji metodą różnicową Ocena ekspresji genów z zastosowaniem mikro- i makromacierzy cDNA Ekspresja eukariotycznych genów w bakteriach Ukierunkowana mutageneza z zastosowaniem megastartera Analiza modyfikowanych nukleozydów metodą chromatografii cienkowarstwowej Analiza metylacji DNA Mapowania genów z zastosowaniem fluorescencyjnej hybrydyzacji in situ (FISH) Przyżyciowe wykrywanie apoptozy w komórkach somatycznych Analiza pęknięć nici DNA metodą elektroforezy pojedynczych komórek (comet assay) Wykrywanie fragmentacji DNA metodą TUNEL Analiza aberracji chromosomowych w chorobach nowotworowych metodą porównawczej hybrydyzacji genomów (CGH) Metoda array-CGH |
|
Literatura: |
Analiza DNA – Teoria i Praktyka, 2008 pod redakcją Ryszarda Słomskiego Praca zbiorowa Wydawnictwo Uniwersytetu Przyrodniczego w Poznaniu ISBN 978-83-7160-496-6 Markery Molekularne - John C. Avise Wydawnictwo Uniwersytetu Warszawskiego 2008 ISBN 978-83-235-0554-9 Genetyka medyczna - Edward Tobias, Michael Connor, Malcolm Ferguson-Smith Wydawnictwo Lekarskie PZWL ISBN:9788320044492, 3013 Biologia molekularna w medycynie, 2015 pod redakcją Jerzego Bala, PWN ISBN 8301147037 |
Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2020/2021" (zakończony)
Okres: | 2021-03-08 - 2021-09-30 |
Przejdź do planu
PN WT ŚR CZ PT LA
LA
LA
|
Typ zajęć: |
Laboratorium, 30 godzin
Wykład, 14 godzin
|
|
Koordynatorzy: | Tomasz Popławski | |
Prowadzący grup: | Grzegorz Galita, Michał Juszczak, Magdalena Kluska, Tomasz Popławski | |
Lista studentów: | (nie masz dostępu) | |
Zaliczenie: |
Przedmiot -
Zaliczenie lub ocena
Laboratorium - Ocena zgodna z regulaminem studiów Wykład - Zaliczenie lub ocena |
|
Metody dydaktyczne: | Ćwiczenia laboratoryjne, wykłady |
|
Sposoby i kryteria oceniania: | 1. ocena przygotowania studenta do poszczególnych zajęć laboratoryjnych (sprawdzian „wejściowy”); 2. ocena umiejętności związanych z realizacją ćwiczeń laboratoryjnych; 3. ocena sprawozdania przygotowywanego częściowo w trakcie zajęć, a częściowo po ich zakończeniu; ocena ta obejmuje także umiejętność pracy w zespole; 4. ocena wiedzy i umiejętności wykazanych na sprawdzianie i/lub egzaminie pisemnym/ustnym o charakterze problemowym (student może korzystać z dowolnych materiałów dydaktycznych). |
|
Treści kształcenia: | Nazewnictwo wariantów sekwencji DNA, RNA i białek Pobieranie materiału biologicznego. Przechowywanie i przewożenie próbek Izolacja DNA Izolacja RNA Ilościowa i jakościowa ocena preparatów DNA i RNA Elektroforeza kwasów nukleinowych Barwienie DNA srebrem Enzymy restrykcyjne, hydroliza genomowego DNA i przygotowywanie końców DNA do klonowania Hybrydyzacja DNA z sondami molekularnymi. Metoda Southerna Odcisk genetyczny Hybrydyzacja typu northern Reakcja łańcuchowa polimerazy (PCR) Metoda odwrotnej reakcji PCR (IPCR). Oznaczanie sekwencji oskrzydlających gen Amplifikacja całego genomu (WGA) Charakterystyka regionów DNA o częściowo znanej strukturze Klonowanie produktów PCR Identyfikacja transformantów bakteryjnych metodą kolonijnej reakcji PCR PCR w czasie rzeczywistym Synteza cDNA na matrycy całkowitego RNA Przygotowywanie i przeszukiwanie bibliotek cDNA Biblioteki DNA konstruowane z minimalnej ilości materiału Wykrywanie mutacji punktowych i polimorfizmu DNA metodą SSCP Wykrywanie mutacji metodą heterodupleksów Wykrywanie mutacji metodą DHPLC PCR multipleks Wykrywanie delecji i duplikacji metodą MLPA Analiza powtórzeń minisatelitarnych w DNA Analiza powtórzeń dinukleotydów (CA)n Analiza powtórzeń trinukleotydów Poszukiwanie powtórzeń trinukleotydów w genomie człowieka Analiza powtórzeń tetranukleotydów Badania DNA w medycynie sądowej Przykłady genotypowań Poszukiwanie markerów cech użytkowych metoda RAPD-PCR Test terminacji translacji (PTT) Analiza międzygatunkowej homologii DNA i białka Archeologia molekularna Analiza sekwencji mitochondrialnego DNA z materiału wykopaliskowego Sekwencjonowanie DNA Sekwencjonowanie DNA - elektroforeza płytowa Sekwencjonowanie DNA – elektroforeza kapilarna Pirosekwencjonowanie – sekwencjonowanie w czasie rzeczywistym Analiza asocjacji w poszukiwaniu genów chorób uwarunkowanych wielogenowo Analiza uwarunkowań genetycznych sportowców Porównanie ekspresji genów na poziomie transkrypcji metodą różnicową Ocena ekspresji genów z zastosowaniem mikro- i makromacierzy cDNA Ekspresja eukariotycznych genów w bakteriach Ukierunkowana mutageneza z zastosowaniem megastartera Analiza modyfikowanych nukleozydów metodą chromatografii cienkowarstwowej Analiza metylacji DNA Mapowania genów z zastosowaniem fluorescencyjnej hybrydyzacji in situ (FISH) Przyżyciowe wykrywanie apoptozy w komórkach somatycznych Analiza pęknięć nici DNA metodą elektroforezy pojedynczych komórek (comet assay) Wykrywanie fragmentacji DNA metodą TUNEL Analiza aberracji chromosomowych w chorobach nowotworowych metodą porównawczej hybrydyzacji genomów (CGH) Metoda array-CGH |
|
Literatura: |
Analiza DNA – Teoria i Praktyka, 2008 pod redakcją Ryszarda Słomskiego Praca zbiorowa Wydawnictwo Uniwersytetu Przyrodniczego w Poznaniu ISBN 978-83-7160-496-6 Markery Molekularne - John C. Avise Wydawnictwo Uniwersytetu Warszawskiego 2008 ISBN 978-83-235-0554-9 Genetyka medyczna - Edward Tobias, Michael Connor, Malcolm Ferguson-Smith Wydawnictwo Lekarskie PZWL ISBN:9788320044492, 3013 Biologia molekularna w medycynie, 2015 pod redakcją Jerzego Bala, PWN ISBN 8301147037 |
Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2019/2020" (zakończony)
Okres: | 2020-02-24 - 2020-09-30 |
Przejdź do planu
PN WT ŚR CZ PT |
Typ zajęć: |
Laboratorium, 30 godzin
Wykład, 14 godzin
|
|
Koordynatorzy: | Tomasz Popławski | |
Prowadzący grup: | Grzegorz Galita, Michał Juszczak, Magdalena Kluska, Tomasz Popławski | |
Lista studentów: | (nie masz dostępu) | |
Zaliczenie: |
Przedmiot -
Zaliczenie lub ocena
Laboratorium - Ocena zgodna z regulaminem studiów Wykład - Zaliczenie lub ocena |
|
Metody dydaktyczne: | Ćwiczenia laboratoryjne, wykłady |
|
Sposoby i kryteria oceniania: | 1. ocena przygotowania studenta do poszczególnych zajęć laboratoryjnych (sprawdzian „wejściowy”); 2. ocena umiejętności związanych z realizacją ćwiczeń laboratoryjnych; 3. ocena sprawozdania przygotowywanego częściowo w trakcie zajęć, a częściowo po ich zakończeniu; ocena ta obejmuje także umiejętność pracy w zespole; 4. ocena wiedzy i umiejętności wykazanych na sprawdzianie i/lub egzaminie pisemnym/ustnym o charakterze problemowym (student może korzystać z dowolnych materiałów dydaktycznych). |
|
Treści kształcenia: | Nazewnictwo wariantów sekwencji DNA, RNA i białek Pobieranie materiału biologicznego. Przechowywanie i przewożenie próbek Izolacja DNA Izolacja RNA Ilościowa i jakościowa ocena preparatów DNA i RNA Elektroforeza kwasów nukleinowych Barwienie DNA srebrem Enzymy restrykcyjne, hydroliza genomowego DNA i przygotowywanie końców DNA do klonowania Hybrydyzacja DNA z sondami molekularnymi. Metoda Southerna Odcisk genetyczny Hybrydyzacja typu northern Reakcja łańcuchowa polimerazy (PCR) Metoda odwrotnej reakcji PCR (IPCR). Oznaczanie sekwencji oskrzydlających gen Amplifikacja całego genomu (WGA) Charakterystyka regionów DNA o częściowo znanej strukturze Klonowanie produktów PCR Identyfikacja transformantów bakteryjnych metodą kolonijnej reakcji PCR PCR w czasie rzeczywistym Synteza cDNA na matrycy całkowitego RNA Przygotowywanie i przeszukiwanie bibliotek cDNA Biblioteki DNA konstruowane z minimalnej ilości materiału Wykrywanie mutacji punktowych i polimorfizmu DNA metodą SSCP Wykrywanie mutacji metodą heterodupleksów Wykrywanie mutacji metodą DHPLC PCR multipleks Wykrywanie delecji i duplikacji metodą MLPA Analiza powtórzeń minisatelitarnych w DNA Analiza powtórzeń dinukleotydów (CA)n Analiza powtórzeń trinukleotydów Poszukiwanie powtórzeń trinukleotydów w genomie człowieka Analiza powtórzeń tetranukleotydów Badania DNA w medycynie sądowej Przykłady genotypowań Poszukiwanie markerów cech użytkowych metoda RAPD-PCR Test terminacji translacji (PTT) Analiza międzygatunkowej homologii DNA i białka Archeologia molekularna Analiza sekwencji mitochondrialnego DNA z materiału wykopaliskowego Sekwencjonowanie DNA Sekwencjonowanie DNA - elektroforeza płytowa Sekwencjonowanie DNA – elektroforeza kapilarna Pirosekwencjonowanie – sekwencjonowanie w czasie rzeczywistym Analiza asocjacji w poszukiwaniu genów chorób uwarunkowanych wielogenowo Analiza uwarunkowań genetycznych sportowców Porównanie ekspresji genów na poziomie transkrypcji metodą różnicową Ocena ekspresji genów z zastosowaniem mikro- i makromacierzy cDNA Ekspresja eukariotycznych genów w bakteriach Ukierunkowana mutageneza z zastosowaniem megastartera Analiza modyfikowanych nukleozydów metodą chromatografii cienkowarstwowej Analiza metylacji DNA Mapowania genów z zastosowaniem fluorescencyjnej hybrydyzacji in situ (FISH) Przyżyciowe wykrywanie apoptozy w komórkach somatycznych Analiza pęknięć nici DNA metodą elektroforezy pojedynczych komórek (comet assay) Wykrywanie fragmentacji DNA metodą TUNEL Analiza aberracji chromosomowych w chorobach nowotworowych metodą porównawczej hybrydyzacji genomów (CGH) Metoda array-CGH |
|
Literatura: |
Analiza DNA – Teoria i Praktyka, 2008 pod redakcją Ryszarda Słomskiego Praca zbiorowa Wydawnictwo Uniwersytetu Przyrodniczego w Poznaniu ISBN 978-83-7160-496-6 Markery Molekularne - John C. Avise Wydawnictwo Uniwersytetu Warszawskiego 2008 ISBN 978-83-235-0554-9 Genetyka medyczna - Edward Tobias, Michael Connor, Malcolm Ferguson-Smith Wydawnictwo Lekarskie PZWL ISBN:9788320044492, 3013 Biologia molekularna w medycynie, 2015 pod redakcją Jerzego Bala, PWN ISBN 8301147037 |
Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2018/2019" (zakończony)
Okres: | 2019-02-18 - 2019-09-30 |
Przejdź do planu
PN WT ŚR CZ PT |
Typ zajęć: |
Laboratorium, 30 godzin
Wykład, 14 godzin
|
|
Koordynatorzy: | Tomasz Popławski | |
Prowadzący grup: | Gabriela Barszczewska-Pietraszek, Katarzyna Białek, Małgorzata Drzewiecka, Patrycja Gralewska, Tomasz Popławski | |
Lista studentów: | (nie masz dostępu) | |
Zaliczenie: |
Przedmiot -
Zaliczenie lub ocena
Laboratorium - Ocena zgodna z regulaminem studiów Wykład - Zaliczenie lub ocena |
|
Metody dydaktyczne: | Ćwiczenia laboratoryjne, wykłady |
|
Sposoby i kryteria oceniania: | 1. ocena przygotowania studenta do poszczególnych zajęć laboratoryjnych (sprawdzian „wejściowy”); 2. ocena umiejętności związanych z realizacją ćwiczeń laboratoryjnych; 3. ocena sprawozdania przygotowywanego częściowo w trakcie zajęć, a częściowo po ich zakończeniu; ocena ta obejmuje także umiejętność pracy w zespole; 4. ocena wiedzy i umiejętności wykazanych na sprawdzianie i/lub egzaminie pisemnym/ustnym o charakterze problemowym (student może korzystać z dowolnych materiałów dydaktycznych). |
|
Treści kształcenia: | Nazewnictwo wariantów sekwencji DNA, RNA i białek Pobieranie materiału biologicznego. Przechowywanie i przewożenie próbek Izolacja DNA Izolacja RNA Ilościowa i jakościowa ocena preparatów DNA i RNA Elektroforeza kwasów nukleinowych Barwienie DNA srebrem Enzymy restrykcyjne, hydroliza genomowego DNA i przygotowywanie końców DNA do klonowania Hybrydyzacja DNA z sondami molekularnymi. Metoda Southerna Odcisk genetyczny Hybrydyzacja typu northern Reakcja łańcuchowa polimerazy (PCR) Metoda odwrotnej reakcji PCR (IPCR). Oznaczanie sekwencji oskrzydlających gen Amplifikacja całego genomu (WGA) Charakterystyka regionów DNA o częściowo znanej strukturze Klonowanie produktów PCR Identyfikacja transformantów bakteryjnych metodą kolonijnej reakcji PCR PCR w czasie rzeczywistym Synteza cDNA na matrycy całkowitego RNA Przygotowywanie i przeszukiwanie bibliotek cDNA Biblioteki DNA konstruowane z minimalnej ilości materiału Wykrywanie mutacji punktowych i polimorfizmu DNA metodą SSCP Wykrywanie mutacji metodą heterodupleksów Wykrywanie mutacji metodą DHPLC PCR multipleks Wykrywanie delecji i duplikacji metodą MLPA Analiza powtórzeń minisatelitarnych w DNA Analiza powtórzeń dinukleotydów (CA)n Analiza powtórzeń trinukleotydów Poszukiwanie powtórzeń trinukleotydów w genomie człowieka Analiza powtórzeń tetranukleotydów Badania DNA w medycynie sądowej Przykłady genotypowań Poszukiwanie markerów cech użytkowych metoda RAPD-PCR Test terminacji translacji (PTT) Analiza międzygatunkowej homologii DNA i białka Archeologia molekularna Analiza sekwencji mitochondrialnego DNA z materiału wykopaliskowego Sekwencjonowanie DNA Sekwencjonowanie DNA - elektroforeza płytowa Sekwencjonowanie DNA – elektroforeza kapilarna Pirosekwencjonowanie – sekwencjonowanie w czasie rzeczywistym Analiza asocjacji w poszukiwaniu genów chorób uwarunkowanych wielogenowo Analiza uwarunkowań genetycznych sportowców Porównanie ekspresji genów na poziomie transkrypcji metodą różnicową Ocena ekspresji genów z zastosowaniem mikro- i makromacierzy cDNA Ekspresja eukariotycznych genów w bakteriach Ukierunkowana mutageneza z zastosowaniem megastartera Analiza modyfikowanych nukleozydów metodą chromatografii cienkowarstwowej Analiza metylacji DNA Mapowania genów z zastosowaniem fluorescencyjnej hybrydyzacji in situ (FISH) Przyżyciowe wykrywanie apoptozy w komórkach somatycznych Analiza pęknięć nici DNA metodą elektroforezy pojedynczych komórek (comet assay) Wykrywanie fragmentacji DNA metodą TUNEL Analiza aberracji chromosomowych w chorobach nowotworowych metodą porównawczej hybrydyzacji genomów (CGH) Metoda array-CGH |
|
Literatura: |
Analiza DNA – Teoria i Praktyka, 2008 pod redakcją Ryszarda Słomskiego Praca zbiorowa Wydawnictwo Uniwersytetu Przyrodniczego w Poznaniu ISBN 978-83-7160-496-6 Markery Molekularne - John C. Avise Wydawnictwo Uniwersytetu Warszawskiego 2008 ISBN 978-83-235-0554-9 Genetyka medyczna - Edward Tobias, Michael Connor, Malcolm Ferguson-Smith Wydawnictwo Lekarskie PZWL ISBN:9788320044492, 3013 Biologia molekularna w medycynie, 2015 pod redakcją Jerzego Bala, PWN ISBN 8301147037 |
Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2017/2018" (zakończony)
Okres: | 2018-02-19 - 2018-09-30 |
Przejdź do planu
PN WT ŚR CZ PT |
Typ zajęć: |
Laboratorium, 30 godzin
Wykład, 14 godzin
|
|
Koordynatorzy: | Tomasz Popławski | |
Prowadzący grup: | Tomasz Popławski, Paulina Tokarz | |
Lista studentów: | (nie masz dostępu) | |
Zaliczenie: | Zaliczenie lub ocena | |
Metody dydaktyczne: | Ćwiczenia laboratoryjne, wykłady |
|
Sposoby i kryteria oceniania: | 1. ocena przygotowania studenta do poszczególnych zajęć laboratoryjnych (sprawdzian „wejściowy”); 2. ocena umiejętności związanych z realizacją ćwiczeń laboratoryjnych; 3. ocena sprawozdania przygotowywanego częściowo w trakcie zajęć, a częściowo po ich zakończeniu; ocena ta obejmuje także umiejętność pracy w zespole; 4. ocena wiedzy i umiejętności wykazanych na sprawdzianie i/lub egzaminie pisemnym/ustnym o charakterze problemowym (student może korzystać z dowolnych materiałów dydaktycznych). |
|
Treści kształcenia: | Nazewnictwo wariantów sekwencji DNA, RNA i białek Pobieranie materiału biologicznego. Przechowywanie i przewożenie próbek Izolacja DNA Izolacja RNA Ilościowa i jakościowa ocena preparatów DNA i RNA Elektroforeza kwasów nukleinowych Barwienie DNA srebrem Enzymy restrykcyjne, hydroliza genomowego DNA i przygotowywanie końców DNA do klonowania Hybrydyzacja DNA z sondami molekularnymi. Metoda Southerna Odcisk genetyczny Hybrydyzacja typu northern Reakcja łańcuchowa polimerazy (PCR) Metoda odwrotnej reakcji PCR (IPCR). Oznaczanie sekwencji oskrzydlających gen Amplifikacja całego genomu (WGA) Charakterystyka regionów DNA o częściowo znanej strukturze Klonowanie produktów PCR Identyfikacja transformantów bakteryjnych metodą kolonijnej reakcji PCR PCR w czasie rzeczywistym Synteza cDNA na matrycy całkowitego RNA Przygotowywanie i przeszukiwanie bibliotek cDNA Biblioteki DNA konstruowane z minimalnej ilości materiału Wykrywanie mutacji punktowych i polimorfizmu DNA metodą SSCP Wykrywanie mutacji metodą heterodupleksów Wykrywanie mutacji metodą DHPLC PCR multipleks Wykrywanie delecji i duplikacji metodą MLPA Analiza powtórzeń minisatelitarnych w DNA Analiza powtórzeń dinukleotydów (CA)n Analiza powtórzeń trinukleotydów Poszukiwanie powtórzeń trinukleotydów w genomie człowieka Analiza powtórzeń tetranukleotydów Badania DNA w medycynie sądowej Przykłady genotypowań Poszukiwanie markerów cech użytkowych metoda RAPD-PCR Test terminacji translacji (PTT) Analiza międzygatunkowej homologii DNA i białka Archeologia molekularna Analiza sekwencji mitochondrialnego DNA z materiału wykopaliskowego Sekwencjonowanie DNA Sekwencjonowanie DNA - elektroforeza płytowa Sekwencjonowanie DNA – elektroforeza kapilarna Pirosekwencjonowanie – sekwencjonowanie w czasie rzeczywistym Analiza asocjacji w poszukiwaniu genów chorób uwarunkowanych wielogenowo Analiza uwarunkowań genetycznych sportowców Porównanie ekspresji genów na poziomie transkrypcji metodą różnicową Ocena ekspresji genów z zastosowaniem mikro- i makromacierzy cDNA Ekspresja eukariotycznych genów w bakteriach Ukierunkowana mutageneza z zastosowaniem megastartera Analiza modyfikowanych nukleozydów metodą chromatografii cienkowarstwowej Analiza metylacji DNA Mapowania genów z zastosowaniem fluorescencyjnej hybrydyzacji in situ (FISH) Przyżyciowe wykrywanie apoptozy w komórkach somatycznych Analiza pęknięć nici DNA metodą elektroforezy pojedynczych komórek (comet assay) Wykrywanie fragmentacji DNA metodą TUNEL Analiza aberracji chromosomowych w chorobach nowotworowych metodą porównawczej hybrydyzacji genomów (CGH) Metoda array-CGH |
|
Literatura: |
Analiza DNA – Teoria i Praktyka, 2008 pod redakcją Ryszarda Słomskiego Praca zbiorowa Wydawnictwo Uniwersytetu Przyrodniczego w Poznaniu ISBN 978-83-7160-496-6 Markery Molekularne - John C. Avise Wydawnictwo Uniwersytetu Warszawskiego 2008 ISBN 978-83-235-0554-9 Genetyka medyczna - Edward Tobias, Michael Connor, Malcolm Ferguson-Smith Wydawnictwo Lekarskie PZWL ISBN:9788320044492, 3013 Biologia molekularna w medycynie, 2015 pod redakcją Jerzego Bala, PWN ISBN 8301147037 |
Właścicielem praw autorskich jest UNIWERSYTET ŁÓDZKI.