UNIWERSYTET ŁÓDZKI - Centralny System Uwierzytelniania
Strona główna

Analiza DNA

Informacje ogólne

Kod przedmiotu: 1600-DLAC6DA
Kod Erasmus / ISCED: (brak danych) / (brak danych)
Nazwa przedmiotu: Analiza DNA
Jednostka: Wydział Biologii i Ochrony Środowiska
Grupy:
Punkty ECTS i inne: 0 LUB 3.00 (w zależności od programu) Podstawowe informacje o zasadach przyporządkowania punktów ECTS:
  • roczny wymiar godzinowy nakładu pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się dla danego etapu studiów wynosi 1500-1800 h, co odpowiada 60 ECTS;
  • tygodniowy wymiar godzinowy nakładu pracy studenta wynosi 45 h;
  • 1 punkt ECTS odpowiada 25-30 godzinom pracy studenta potrzebnej do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się;
  • tygodniowy nakład pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się pozwala uzyskać 1,5 ECTS;
  • nakład pracy potrzebny do zaliczenia przedmiotu, któremu przypisano 3 ECTS, stanowi 10% semestralnego obciążenia studenta.

zobacz reguły punktacji
Język prowadzenia: polski
Wymagania wstępne:

biegłe posługiwanie się językiem nowożytnym w mowie i piśmie, umiejętności myślenia przyczynowo-skutkowego, analizy i syntezy, korzystania z biblioteki, co najmniej podstawowe wiadomości z zakresu struktury i funkcji kwasów nukleinowych

Skrócony opis:

Cel przedmiotu: zaznajomienie studenta z podstawowymi zagadnieniami związanymi z analizą DNA, zapoznanie studenta z wykorzystaniem w praktyce wiedzy o technikach analizy DNA w nauce, medycynie i przemyśle, doskonalenie umiejętności analizy, syntezy i prezentowania problemów etycznych stosowania technik analizy DNA

Efekty uczenia się:

EW1 - Wymienia źródła literatury przedmiotu

EW2 - Opisuje metody amplifikacji i sekwencjonowania DNA

EW3 - Wymienia techniki izolacji i przechowywania kwasów nukleinowych

EW4 - Charakteryzuje podstawowe techniki analizy DNA oparte na rozdziale elektroforetycznym i hybrydyzacji i z wykorzystaniem enzymów restrykcyjnych

EW5 - Opisuje metody amplifikacji i sekwencjonowania DNA

EW6 - Klasyfikuje markery genetycznymi na podstawie ich cech charakterystycznych

EW7 - Wyjaśnia metody identyfikacji osobniczej i gatunkowej na podstawie analizy markerów DNA

EU1 - prezentuje wybrane problemy analizy DNA z wykorzystaniem języka specjalistycznego

EU2 - dyskutuje na wybrane tematy dotyczące analizy DNA

EU3 - stosuje metody analizy DNA

EU4 - krytycznie analizuje wyniki badań genetycznych i przedstawia je w postaci raportu

EU5 - przedstawia argumenty na rzecz uczenia się przez całe życie

EK1 – tworzy wspólne projekty badawcze

EK2 - opisuje dynamiczny rozwój studiowanej dyscypliny wiedzy

Przedmiotowe efekty kształcenia są spójne z następującymi kierunkowymi efektami , kształcenia: 16A-1A_W02, 16A-1A_W03, 16A-1A_W04, 16A-1A_W09, 16A-1A_W10, 16A-1A_W12, 16A-1A_W13, 16A-1A_U02, 16A-1A_U03, 16A-1A_U06, 16A-1A_U07, 16A-1A_U12, 16A-1A_U13, 16A-1A_U14, 16A-1A_U15, 16A-1A_U16, 16A-1A_K01, 16A-1A_K02, 16A-1A_K03, 16A-1A_K04, 16A-1A_K05, 16A-1A_K06, 16A-1A_K07, 16A-1A_K09

Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2023/2024" (w trakcie)

Okres: 2024-02-26 - 2024-09-30
Wybrany podział planu:
Przejdź do planu
Typ zajęć:
Laboratorium, 30 godzin więcej informacji
Wykład, 14 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Katarzyna Woźniak
Prowadzący grup: Michał Juszczak, Katarzyna Woźniak
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Przedmiot - Zaliczenie lub ocena
Laboratorium - Ocena zgodna z regulaminem studiów
Wykład - Zaliczenie lub ocena
Metody dydaktyczne:

Ćwiczenia laboratoryjne, wykłady

Sposoby i kryteria oceniania:

1. ocena przygotowania studenta do poszczególnych zajęć laboratoryjnych (sprawdzian „wejściowy”);

2. ocena umiejętności związanych z realizacją ćwiczeń laboratoryjnych;

3. ocena sprawozdania przygotowywanego częściowo w trakcie zajęć, a częściowo po ich zakończeniu; ocena ta obejmuje także umiejętność pracy w zespole;

4. ocena wiedzy i umiejętności wykazanych na sprawdzianie i/lub egzaminie pisemnym/ustnym o charakterze problemowym (student może korzystać z dowolnych materiałów dydaktycznych).

Treści kształcenia:

Nazewnictwo wariantów sekwencji DNA, RNA i białek

Pobieranie materiału biologicznego. Przechowywanie i przewożenie próbek

Izolacja DNA

Izolacja RNA

Ilościowa i jakościowa ocena preparatów DNA i RNA

Elektroforeza kwasów nukleinowych

Barwienie DNA srebrem

Enzymy restrykcyjne, hydroliza genomowego DNA i przygotowywanie końców DNA do klonowania

Hybrydyzacja DNA z sondami molekularnymi. Metoda Southerna

Odcisk genetyczny

Hybrydyzacja typu northern

Reakcja łańcuchowa polimerazy (PCR)

Metoda odwrotnej reakcji PCR (IPCR). Oznaczanie sekwencji oskrzydlających gen

Amplifikacja całego genomu (WGA)

Charakterystyka regionów DNA o częściowo znanej strukturze

Klonowanie produktów PCR

Identyfikacja transformantów bakteryjnych metodą kolonijnej reakcji PCR

PCR w czasie rzeczywistym

Synteza cDNA na matrycy całkowitego RNA

Przygotowywanie i przeszukiwanie bibliotek cDNA

Biblioteki DNA konstruowane z minimalnej ilości materiału

Wykrywanie mutacji punktowych i polimorfizmu DNA metodą SSCP

Wykrywanie mutacji metodą heterodupleksów

Wykrywanie mutacji metodą DHPLC

PCR multipleks

Wykrywanie delecji i duplikacji metodą MLPA

Analiza powtórzeń minisatelitarnych w DNA

Analiza powtórzeń dinukleotydów (CA)n

Analiza powtórzeń trinukleotydów

Poszukiwanie powtórzeń trinukleotydów w genomie człowieka

Analiza powtórzeń tetranukleotydów

Badania DNA w medycynie sądowej

Przykłady genotypowań

Poszukiwanie markerów cech użytkowych metoda RAPD-PCR

Test terminacji translacji (PTT)

Analiza międzygatunkowej homologii DNA i białka

Archeologia molekularna

Analiza sekwencji mitochondrialnego DNA z materiału wykopaliskowego


Sekwencjonowanie DNA

Sekwencjonowanie DNA - elektroforeza płytowa

Sekwencjonowanie DNA – elektroforeza kapilarna

Pirosekwencjonowanie – sekwencjonowanie w czasie rzeczywistym

Analiza asocjacji w poszukiwaniu genów chorób uwarunkowanych wielogenowo

Analiza uwarunkowań genetycznych sportowców

Porównanie ekspresji genów na poziomie transkrypcji metodą różnicową

Ocena ekspresji genów z zastosowaniem mikro- i makromacierzy cDNA

Ekspresja eukariotycznych genów w bakteriach

Ukierunkowana mutageneza z zastosowaniem megastartera

Analiza modyfikowanych nukleozydów metodą chromatografii cienkowarstwowej

Analiza metylacji DNA

Mapowania genów z zastosowaniem fluorescencyjnej hybrydyzacji in situ (FISH)

Przyżyciowe wykrywanie apoptozy w komórkach somatycznych

Analiza pęknięć nici DNA metodą elektroforezy pojedynczych komórek (comet assay)

Wykrywanie fragmentacji DNA metodą TUNEL

Analiza aberracji chromosomowych w chorobach nowotworowych metodą porównawczej hybrydyzacji genomów (CGH)

Metoda array-CGH

Literatura:

Analiza DNA – Teoria i Praktyka, 2008 pod redakcją Ryszarda Słomskiego Praca zbiorowa Wydawnictwo Uniwersytetu Przyrodniczego w Poznaniu ISBN 978-83-7160-496-6

Markery Molekularne - John C. Avise Wydawnictwo Uniwersytetu Warszawskiego 2008 ISBN 978-83-235-0554-9

Genetyka medyczna - Edward Tobias, Michael Connor, Malcolm Ferguson-Smith Wydawnictwo Lekarskie PZWL ISBN:9788320044492, 3013

Biologia molekularna w medycynie, 2015 pod redakcją Jerzego Bala, PWN ISBN 8301147037

Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2022/2023" (zakończony)

Okres: 2023-02-20 - 2023-09-30
Wybrany podział planu:
Przejdź do planu
Typ zajęć:
Laboratorium, 30 godzin więcej informacji
Wykład, 14 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Katarzyna Woźniak
Prowadzący grup: Michał Juszczak, Paulina Tokarz, Katarzyna Woźniak
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Przedmiot - Zaliczenie lub ocena
Laboratorium - Ocena zgodna z regulaminem studiów
Wykład - Zaliczenie lub ocena
Metody dydaktyczne:

Ćwiczenia laboratoryjne, wykłady

Sposoby i kryteria oceniania:

1. ocena przygotowania studenta do poszczególnych zajęć laboratoryjnych (sprawdzian „wejściowy”);

2. ocena umiejętności związanych z realizacją ćwiczeń laboratoryjnych;

3. ocena sprawozdania przygotowywanego częściowo w trakcie zajęć, a częściowo po ich zakończeniu; ocena ta obejmuje także umiejętność pracy w zespole;

4. ocena wiedzy i umiejętności wykazanych na sprawdzianie i/lub egzaminie pisemnym/ustnym o charakterze problemowym (student może korzystać z dowolnych materiałów dydaktycznych).

Treści kształcenia:

Nazewnictwo wariantów sekwencji DNA, RNA i białek

Pobieranie materiału biologicznego. Przechowywanie i przewożenie próbek

Izolacja DNA

Izolacja RNA

Ilościowa i jakościowa ocena preparatów DNA i RNA

Elektroforeza kwasów nukleinowych

Barwienie DNA srebrem

Enzymy restrykcyjne, hydroliza genomowego DNA i przygotowywanie końców DNA do klonowania

Hybrydyzacja DNA z sondami molekularnymi. Metoda Southerna

Odcisk genetyczny

Hybrydyzacja typu northern

Reakcja łańcuchowa polimerazy (PCR)

Metoda odwrotnej reakcji PCR (IPCR). Oznaczanie sekwencji oskrzydlających gen

Amplifikacja całego genomu (WGA)

Charakterystyka regionów DNA o częściowo znanej strukturze

Klonowanie produktów PCR

Identyfikacja transformantów bakteryjnych metodą kolonijnej reakcji PCR

PCR w czasie rzeczywistym

Synteza cDNA na matrycy całkowitego RNA

Przygotowywanie i przeszukiwanie bibliotek cDNA

Biblioteki DNA konstruowane z minimalnej ilości materiału

Wykrywanie mutacji punktowych i polimorfizmu DNA metodą SSCP

Wykrywanie mutacji metodą heterodupleksów

Wykrywanie mutacji metodą DHPLC

PCR multipleks

Wykrywanie delecji i duplikacji metodą MLPA

Analiza powtórzeń minisatelitarnych w DNA

Analiza powtórzeń dinukleotydów (CA)n

Analiza powtórzeń trinukleotydów

Poszukiwanie powtórzeń trinukleotydów w genomie człowieka

Analiza powtórzeń tetranukleotydów

Badania DNA w medycynie sądowej

Przykłady genotypowań

Poszukiwanie markerów cech użytkowych metoda RAPD-PCR

Test terminacji translacji (PTT)

Analiza międzygatunkowej homologii DNA i białka

Archeologia molekularna

Analiza sekwencji mitochondrialnego DNA z materiału wykopaliskowego


Sekwencjonowanie DNA

Sekwencjonowanie DNA - elektroforeza płytowa

Sekwencjonowanie DNA – elektroforeza kapilarna

Pirosekwencjonowanie – sekwencjonowanie w czasie rzeczywistym

Analiza asocjacji w poszukiwaniu genów chorób uwarunkowanych wielogenowo

Analiza uwarunkowań genetycznych sportowców

Porównanie ekspresji genów na poziomie transkrypcji metodą różnicową

Ocena ekspresji genów z zastosowaniem mikro- i makromacierzy cDNA

Ekspresja eukariotycznych genów w bakteriach

Ukierunkowana mutageneza z zastosowaniem megastartera

Analiza modyfikowanych nukleozydów metodą chromatografii cienkowarstwowej

Analiza metylacji DNA

Mapowania genów z zastosowaniem fluorescencyjnej hybrydyzacji in situ (FISH)

Przyżyciowe wykrywanie apoptozy w komórkach somatycznych

Analiza pęknięć nici DNA metodą elektroforezy pojedynczych komórek (comet assay)

Wykrywanie fragmentacji DNA metodą TUNEL

Analiza aberracji chromosomowych w chorobach nowotworowych metodą porównawczej hybrydyzacji genomów (CGH)

Metoda array-CGH

Literatura:

Analiza DNA – Teoria i Praktyka, 2008 pod redakcją Ryszarda Słomskiego Praca zbiorowa Wydawnictwo Uniwersytetu Przyrodniczego w Poznaniu ISBN 978-83-7160-496-6

Markery Molekularne - John C. Avise Wydawnictwo Uniwersytetu Warszawskiego 2008 ISBN 978-83-235-0554-9

Genetyka medyczna - Edward Tobias, Michael Connor, Malcolm Ferguson-Smith Wydawnictwo Lekarskie PZWL ISBN:9788320044492, 3013

Biologia molekularna w medycynie, 2015 pod redakcją Jerzego Bala, PWN ISBN 8301147037

Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2021/2022" (zakończony)

Okres: 2022-02-21 - 2022-09-30
Wybrany podział planu:
Przejdź do planu
Typ zajęć:
Laboratorium, 30 godzin więcej informacji
Wykład, 14 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Tomasz Popławski
Prowadzący grup: Grzegorz Galita, Michał Juszczak, Tomasz Popławski, Paulina Tokarz, Daniel Wysokiński
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Przedmiot - Zaliczenie lub ocena
Laboratorium - Ocena zgodna z regulaminem studiów
Wykład - Zaliczenie lub ocena
Metody dydaktyczne:

Ćwiczenia laboratoryjne, wykłady

Sposoby i kryteria oceniania:

1. ocena przygotowania studenta do poszczególnych zajęć laboratoryjnych (sprawdzian „wejściowy”);

2. ocena umiejętności związanych z realizacją ćwiczeń laboratoryjnych;

3. ocena sprawozdania przygotowywanego częściowo w trakcie zajęć, a częściowo po ich zakończeniu; ocena ta obejmuje także umiejętność pracy w zespole;

4. ocena wiedzy i umiejętności wykazanych na sprawdzianie i/lub egzaminie pisemnym/ustnym o charakterze problemowym (student może korzystać z dowolnych materiałów dydaktycznych).

Treści kształcenia:

Nazewnictwo wariantów sekwencji DNA, RNA i białek

Pobieranie materiału biologicznego. Przechowywanie i przewożenie próbek

Izolacja DNA

Izolacja RNA

Ilościowa i jakościowa ocena preparatów DNA i RNA

Elektroforeza kwasów nukleinowych

Barwienie DNA srebrem

Enzymy restrykcyjne, hydroliza genomowego DNA i przygotowywanie końców DNA do klonowania

Hybrydyzacja DNA z sondami molekularnymi. Metoda Southerna

Odcisk genetyczny

Hybrydyzacja typu northern

Reakcja łańcuchowa polimerazy (PCR)

Metoda odwrotnej reakcji PCR (IPCR). Oznaczanie sekwencji oskrzydlających gen

Amplifikacja całego genomu (WGA)

Charakterystyka regionów DNA o częściowo znanej strukturze

Klonowanie produktów PCR

Identyfikacja transformantów bakteryjnych metodą kolonijnej reakcji PCR

PCR w czasie rzeczywistym

Synteza cDNA na matrycy całkowitego RNA

Przygotowywanie i przeszukiwanie bibliotek cDNA

Biblioteki DNA konstruowane z minimalnej ilości materiału

Wykrywanie mutacji punktowych i polimorfizmu DNA metodą SSCP

Wykrywanie mutacji metodą heterodupleksów

Wykrywanie mutacji metodą DHPLC

PCR multipleks

Wykrywanie delecji i duplikacji metodą MLPA

Analiza powtórzeń minisatelitarnych w DNA

Analiza powtórzeń dinukleotydów (CA)n

Analiza powtórzeń trinukleotydów

Poszukiwanie powtórzeń trinukleotydów w genomie człowieka

Analiza powtórzeń tetranukleotydów

Badania DNA w medycynie sądowej

Przykłady genotypowań

Poszukiwanie markerów cech użytkowych metoda RAPD-PCR

Test terminacji translacji (PTT)

Analiza międzygatunkowej homologii DNA i białka

Archeologia molekularna

Analiza sekwencji mitochondrialnego DNA z materiału wykopaliskowego


Sekwencjonowanie DNA

Sekwencjonowanie DNA - elektroforeza płytowa

Sekwencjonowanie DNA – elektroforeza kapilarna

Pirosekwencjonowanie – sekwencjonowanie w czasie rzeczywistym

Analiza asocjacji w poszukiwaniu genów chorób uwarunkowanych wielogenowo

Analiza uwarunkowań genetycznych sportowców

Porównanie ekspresji genów na poziomie transkrypcji metodą różnicową

Ocena ekspresji genów z zastosowaniem mikro- i makromacierzy cDNA

Ekspresja eukariotycznych genów w bakteriach

Ukierunkowana mutageneza z zastosowaniem megastartera

Analiza modyfikowanych nukleozydów metodą chromatografii cienkowarstwowej

Analiza metylacji DNA

Mapowania genów z zastosowaniem fluorescencyjnej hybrydyzacji in situ (FISH)

Przyżyciowe wykrywanie apoptozy w komórkach somatycznych

Analiza pęknięć nici DNA metodą elektroforezy pojedynczych komórek (comet assay)

Wykrywanie fragmentacji DNA metodą TUNEL

Analiza aberracji chromosomowych w chorobach nowotworowych metodą porównawczej hybrydyzacji genomów (CGH)

Metoda array-CGH

Literatura:

Analiza DNA – Teoria i Praktyka, 2008 pod redakcją Ryszarda Słomskiego Praca zbiorowa Wydawnictwo Uniwersytetu Przyrodniczego w Poznaniu ISBN 978-83-7160-496-6

Markery Molekularne - John C. Avise Wydawnictwo Uniwersytetu Warszawskiego 2008 ISBN 978-83-235-0554-9

Genetyka medyczna - Edward Tobias, Michael Connor, Malcolm Ferguson-Smith Wydawnictwo Lekarskie PZWL ISBN:9788320044492, 3013

Biologia molekularna w medycynie, 2015 pod redakcją Jerzego Bala, PWN ISBN 8301147037

Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2020/2021" (zakończony)

Okres: 2021-03-08 - 2021-09-30
Wybrany podział planu:
Przejdź do planu
Typ zajęć:
Laboratorium, 30 godzin więcej informacji
Wykład, 14 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Tomasz Popławski
Prowadzący grup: Grzegorz Galita, Michał Juszczak, Magdalena Kluska, Tomasz Popławski
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Przedmiot - Zaliczenie lub ocena
Laboratorium - Ocena zgodna z regulaminem studiów
Wykład - Zaliczenie lub ocena
Metody dydaktyczne:

Ćwiczenia laboratoryjne, wykłady

Sposoby i kryteria oceniania:

1. ocena przygotowania studenta do poszczególnych zajęć laboratoryjnych (sprawdzian „wejściowy”);

2. ocena umiejętności związanych z realizacją ćwiczeń laboratoryjnych;

3. ocena sprawozdania przygotowywanego częściowo w trakcie zajęć, a częściowo po ich zakończeniu; ocena ta obejmuje także umiejętność pracy w zespole;

4. ocena wiedzy i umiejętności wykazanych na sprawdzianie i/lub egzaminie pisemnym/ustnym o charakterze problemowym (student może korzystać z dowolnych materiałów dydaktycznych).

Treści kształcenia:

Nazewnictwo wariantów sekwencji DNA, RNA i białek

Pobieranie materiału biologicznego. Przechowywanie i przewożenie próbek

Izolacja DNA

Izolacja RNA

Ilościowa i jakościowa ocena preparatów DNA i RNA

Elektroforeza kwasów nukleinowych

Barwienie DNA srebrem

Enzymy restrykcyjne, hydroliza genomowego DNA i przygotowywanie końców DNA do klonowania

Hybrydyzacja DNA z sondami molekularnymi. Metoda Southerna

Odcisk genetyczny

Hybrydyzacja typu northern

Reakcja łańcuchowa polimerazy (PCR)

Metoda odwrotnej reakcji PCR (IPCR). Oznaczanie sekwencji oskrzydlających gen

Amplifikacja całego genomu (WGA)

Charakterystyka regionów DNA o częściowo znanej strukturze

Klonowanie produktów PCR

Identyfikacja transformantów bakteryjnych metodą kolonijnej reakcji PCR

PCR w czasie rzeczywistym

Synteza cDNA na matrycy całkowitego RNA

Przygotowywanie i przeszukiwanie bibliotek cDNA

Biblioteki DNA konstruowane z minimalnej ilości materiału

Wykrywanie mutacji punktowych i polimorfizmu DNA metodą SSCP

Wykrywanie mutacji metodą heterodupleksów

Wykrywanie mutacji metodą DHPLC

PCR multipleks

Wykrywanie delecji i duplikacji metodą MLPA

Analiza powtórzeń minisatelitarnych w DNA

Analiza powtórzeń dinukleotydów (CA)n

Analiza powtórzeń trinukleotydów

Poszukiwanie powtórzeń trinukleotydów w genomie człowieka

Analiza powtórzeń tetranukleotydów

Badania DNA w medycynie sądowej

Przykłady genotypowań

Poszukiwanie markerów cech użytkowych metoda RAPD-PCR

Test terminacji translacji (PTT)

Analiza międzygatunkowej homologii DNA i białka

Archeologia molekularna

Analiza sekwencji mitochondrialnego DNA z materiału wykopaliskowego


Sekwencjonowanie DNA

Sekwencjonowanie DNA - elektroforeza płytowa

Sekwencjonowanie DNA – elektroforeza kapilarna

Pirosekwencjonowanie – sekwencjonowanie w czasie rzeczywistym

Analiza asocjacji w poszukiwaniu genów chorób uwarunkowanych wielogenowo

Analiza uwarunkowań genetycznych sportowców

Porównanie ekspresji genów na poziomie transkrypcji metodą różnicową

Ocena ekspresji genów z zastosowaniem mikro- i makromacierzy cDNA

Ekspresja eukariotycznych genów w bakteriach

Ukierunkowana mutageneza z zastosowaniem megastartera

Analiza modyfikowanych nukleozydów metodą chromatografii cienkowarstwowej

Analiza metylacji DNA

Mapowania genów z zastosowaniem fluorescencyjnej hybrydyzacji in situ (FISH)

Przyżyciowe wykrywanie apoptozy w komórkach somatycznych

Analiza pęknięć nici DNA metodą elektroforezy pojedynczych komórek (comet assay)

Wykrywanie fragmentacji DNA metodą TUNEL

Analiza aberracji chromosomowych w chorobach nowotworowych metodą porównawczej hybrydyzacji genomów (CGH)

Metoda array-CGH

Literatura:

Analiza DNA – Teoria i Praktyka, 2008 pod redakcją Ryszarda Słomskiego Praca zbiorowa Wydawnictwo Uniwersytetu Przyrodniczego w Poznaniu ISBN 978-83-7160-496-6

Markery Molekularne - John C. Avise Wydawnictwo Uniwersytetu Warszawskiego 2008 ISBN 978-83-235-0554-9

Genetyka medyczna - Edward Tobias, Michael Connor, Malcolm Ferguson-Smith Wydawnictwo Lekarskie PZWL ISBN:9788320044492, 3013

Biologia molekularna w medycynie, 2015 pod redakcją Jerzego Bala, PWN ISBN 8301147037

Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2019/2020" (zakończony)

Okres: 2020-02-24 - 2020-09-30
Wybrany podział planu:
Przejdź do planu
Typ zajęć:
Laboratorium, 30 godzin więcej informacji
Wykład, 14 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Tomasz Popławski
Prowadzący grup: Grzegorz Galita, Michał Juszczak, Magdalena Kluska, Tomasz Popławski
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Przedmiot - Zaliczenie lub ocena
Laboratorium - Ocena zgodna z regulaminem studiów
Wykład - Zaliczenie lub ocena
Metody dydaktyczne:

Ćwiczenia laboratoryjne, wykłady

Sposoby i kryteria oceniania:

1. ocena przygotowania studenta do poszczególnych zajęć laboratoryjnych (sprawdzian „wejściowy”);

2. ocena umiejętności związanych z realizacją ćwiczeń laboratoryjnych;

3. ocena sprawozdania przygotowywanego częściowo w trakcie zajęć, a częściowo po ich zakończeniu; ocena ta obejmuje także umiejętność pracy w zespole;

4. ocena wiedzy i umiejętności wykazanych na sprawdzianie i/lub egzaminie pisemnym/ustnym o charakterze problemowym (student może korzystać z dowolnych materiałów dydaktycznych).

Treści kształcenia:

Nazewnictwo wariantów sekwencji DNA, RNA i białek

Pobieranie materiału biologicznego. Przechowywanie i przewożenie próbek

Izolacja DNA

Izolacja RNA

Ilościowa i jakościowa ocena preparatów DNA i RNA

Elektroforeza kwasów nukleinowych

Barwienie DNA srebrem

Enzymy restrykcyjne, hydroliza genomowego DNA i przygotowywanie końców DNA do klonowania

Hybrydyzacja DNA z sondami molekularnymi. Metoda Southerna

Odcisk genetyczny

Hybrydyzacja typu northern

Reakcja łańcuchowa polimerazy (PCR)

Metoda odwrotnej reakcji PCR (IPCR). Oznaczanie sekwencji oskrzydlających gen

Amplifikacja całego genomu (WGA)

Charakterystyka regionów DNA o częściowo znanej strukturze

Klonowanie produktów PCR

Identyfikacja transformantów bakteryjnych metodą kolonijnej reakcji PCR

PCR w czasie rzeczywistym

Synteza cDNA na matrycy całkowitego RNA

Przygotowywanie i przeszukiwanie bibliotek cDNA

Biblioteki DNA konstruowane z minimalnej ilości materiału

Wykrywanie mutacji punktowych i polimorfizmu DNA metodą SSCP

Wykrywanie mutacji metodą heterodupleksów

Wykrywanie mutacji metodą DHPLC

PCR multipleks

Wykrywanie delecji i duplikacji metodą MLPA

Analiza powtórzeń minisatelitarnych w DNA

Analiza powtórzeń dinukleotydów (CA)n

Analiza powtórzeń trinukleotydów

Poszukiwanie powtórzeń trinukleotydów w genomie człowieka

Analiza powtórzeń tetranukleotydów

Badania DNA w medycynie sądowej

Przykłady genotypowań

Poszukiwanie markerów cech użytkowych metoda RAPD-PCR

Test terminacji translacji (PTT)

Analiza międzygatunkowej homologii DNA i białka

Archeologia molekularna

Analiza sekwencji mitochondrialnego DNA z materiału wykopaliskowego


Sekwencjonowanie DNA

Sekwencjonowanie DNA - elektroforeza płytowa

Sekwencjonowanie DNA – elektroforeza kapilarna

Pirosekwencjonowanie – sekwencjonowanie w czasie rzeczywistym

Analiza asocjacji w poszukiwaniu genów chorób uwarunkowanych wielogenowo

Analiza uwarunkowań genetycznych sportowców

Porównanie ekspresji genów na poziomie transkrypcji metodą różnicową

Ocena ekspresji genów z zastosowaniem mikro- i makromacierzy cDNA

Ekspresja eukariotycznych genów w bakteriach

Ukierunkowana mutageneza z zastosowaniem megastartera

Analiza modyfikowanych nukleozydów metodą chromatografii cienkowarstwowej

Analiza metylacji DNA

Mapowania genów z zastosowaniem fluorescencyjnej hybrydyzacji in situ (FISH)

Przyżyciowe wykrywanie apoptozy w komórkach somatycznych

Analiza pęknięć nici DNA metodą elektroforezy pojedynczych komórek (comet assay)

Wykrywanie fragmentacji DNA metodą TUNEL

Analiza aberracji chromosomowych w chorobach nowotworowych metodą porównawczej hybrydyzacji genomów (CGH)

Metoda array-CGH

Literatura:

Analiza DNA – Teoria i Praktyka, 2008 pod redakcją Ryszarda Słomskiego Praca zbiorowa Wydawnictwo Uniwersytetu Przyrodniczego w Poznaniu ISBN 978-83-7160-496-6

Markery Molekularne - John C. Avise Wydawnictwo Uniwersytetu Warszawskiego 2008 ISBN 978-83-235-0554-9

Genetyka medyczna - Edward Tobias, Michael Connor, Malcolm Ferguson-Smith Wydawnictwo Lekarskie PZWL ISBN:9788320044492, 3013

Biologia molekularna w medycynie, 2015 pod redakcją Jerzego Bala, PWN ISBN 8301147037

Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2018/2019" (zakończony)

Okres: 2019-02-18 - 2019-09-30
Wybrany podział planu:
Przejdź do planu
Typ zajęć:
Laboratorium, 30 godzin więcej informacji
Wykład, 14 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Tomasz Popławski
Prowadzący grup: Gabriela Barszczewska-Pietraszek, Katarzyna Białek, Małgorzata Drzewiecka, Patrycja Gralewska, Tomasz Popławski
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Przedmiot - Zaliczenie lub ocena
Laboratorium - Ocena zgodna z regulaminem studiów
Wykład - Zaliczenie lub ocena
Metody dydaktyczne:

Ćwiczenia laboratoryjne, wykłady

Sposoby i kryteria oceniania:

1. ocena przygotowania studenta do poszczególnych zajęć laboratoryjnych (sprawdzian „wejściowy”);

2. ocena umiejętności związanych z realizacją ćwiczeń laboratoryjnych;

3. ocena sprawozdania przygotowywanego częściowo w trakcie zajęć, a częściowo po ich zakończeniu; ocena ta obejmuje także umiejętność pracy w zespole;

4. ocena wiedzy i umiejętności wykazanych na sprawdzianie i/lub egzaminie pisemnym/ustnym o charakterze problemowym (student może korzystać z dowolnych materiałów dydaktycznych).

Treści kształcenia:

Nazewnictwo wariantów sekwencji DNA, RNA i białek

Pobieranie materiału biologicznego. Przechowywanie i przewożenie próbek

Izolacja DNA

Izolacja RNA

Ilościowa i jakościowa ocena preparatów DNA i RNA

Elektroforeza kwasów nukleinowych

Barwienie DNA srebrem

Enzymy restrykcyjne, hydroliza genomowego DNA i przygotowywanie końców DNA do klonowania

Hybrydyzacja DNA z sondami molekularnymi. Metoda Southerna

Odcisk genetyczny

Hybrydyzacja typu northern

Reakcja łańcuchowa polimerazy (PCR)

Metoda odwrotnej reakcji PCR (IPCR). Oznaczanie sekwencji oskrzydlających gen

Amplifikacja całego genomu (WGA)

Charakterystyka regionów DNA o częściowo znanej strukturze

Klonowanie produktów PCR

Identyfikacja transformantów bakteryjnych metodą kolonijnej reakcji PCR

PCR w czasie rzeczywistym

Synteza cDNA na matrycy całkowitego RNA

Przygotowywanie i przeszukiwanie bibliotek cDNA

Biblioteki DNA konstruowane z minimalnej ilości materiału

Wykrywanie mutacji punktowych i polimorfizmu DNA metodą SSCP

Wykrywanie mutacji metodą heterodupleksów

Wykrywanie mutacji metodą DHPLC

PCR multipleks

Wykrywanie delecji i duplikacji metodą MLPA

Analiza powtórzeń minisatelitarnych w DNA

Analiza powtórzeń dinukleotydów (CA)n

Analiza powtórzeń trinukleotydów

Poszukiwanie powtórzeń trinukleotydów w genomie człowieka

Analiza powtórzeń tetranukleotydów

Badania DNA w medycynie sądowej

Przykłady genotypowań

Poszukiwanie markerów cech użytkowych metoda RAPD-PCR

Test terminacji translacji (PTT)

Analiza międzygatunkowej homologii DNA i białka

Archeologia molekularna

Analiza sekwencji mitochondrialnego DNA z materiału wykopaliskowego


Sekwencjonowanie DNA

Sekwencjonowanie DNA - elektroforeza płytowa

Sekwencjonowanie DNA – elektroforeza kapilarna

Pirosekwencjonowanie – sekwencjonowanie w czasie rzeczywistym

Analiza asocjacji w poszukiwaniu genów chorób uwarunkowanych wielogenowo

Analiza uwarunkowań genetycznych sportowców

Porównanie ekspresji genów na poziomie transkrypcji metodą różnicową

Ocena ekspresji genów z zastosowaniem mikro- i makromacierzy cDNA

Ekspresja eukariotycznych genów w bakteriach

Ukierunkowana mutageneza z zastosowaniem megastartera

Analiza modyfikowanych nukleozydów metodą chromatografii cienkowarstwowej

Analiza metylacji DNA

Mapowania genów z zastosowaniem fluorescencyjnej hybrydyzacji in situ (FISH)

Przyżyciowe wykrywanie apoptozy w komórkach somatycznych

Analiza pęknięć nici DNA metodą elektroforezy pojedynczych komórek (comet assay)

Wykrywanie fragmentacji DNA metodą TUNEL

Analiza aberracji chromosomowych w chorobach nowotworowych metodą porównawczej hybrydyzacji genomów (CGH)

Metoda array-CGH

Literatura:

Analiza DNA – Teoria i Praktyka, 2008 pod redakcją Ryszarda Słomskiego Praca zbiorowa Wydawnictwo Uniwersytetu Przyrodniczego w Poznaniu ISBN 978-83-7160-496-6

Markery Molekularne - John C. Avise Wydawnictwo Uniwersytetu Warszawskiego 2008 ISBN 978-83-235-0554-9

Genetyka medyczna - Edward Tobias, Michael Connor, Malcolm Ferguson-Smith Wydawnictwo Lekarskie PZWL ISBN:9788320044492, 3013

Biologia molekularna w medycynie, 2015 pod redakcją Jerzego Bala, PWN ISBN 8301147037

Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2017/2018" (zakończony)

Okres: 2018-02-19 - 2018-09-30
Wybrany podział planu:
Przejdź do planu
Typ zajęć:
Laboratorium, 30 godzin więcej informacji
Wykład, 14 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Tomasz Popławski
Prowadzący grup: Tomasz Popławski, Paulina Tokarz
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Zaliczenie lub ocena
Metody dydaktyczne:

Ćwiczenia laboratoryjne, wykłady

Sposoby i kryteria oceniania:

1. ocena przygotowania studenta do poszczególnych zajęć laboratoryjnych (sprawdzian „wejściowy”);

2. ocena umiejętności związanych z realizacją ćwiczeń laboratoryjnych;

3. ocena sprawozdania przygotowywanego częściowo w trakcie zajęć, a częściowo po ich zakończeniu; ocena ta obejmuje także umiejętność pracy w zespole;

4. ocena wiedzy i umiejętności wykazanych na sprawdzianie i/lub egzaminie pisemnym/ustnym o charakterze problemowym (student może korzystać z dowolnych materiałów dydaktycznych).

Treści kształcenia:

Nazewnictwo wariantów sekwencji DNA, RNA i białek

Pobieranie materiału biologicznego. Przechowywanie i przewożenie próbek

Izolacja DNA

Izolacja RNA

Ilościowa i jakościowa ocena preparatów DNA i RNA

Elektroforeza kwasów nukleinowych

Barwienie DNA srebrem

Enzymy restrykcyjne, hydroliza genomowego DNA i przygotowywanie końców DNA do klonowania

Hybrydyzacja DNA z sondami molekularnymi. Metoda Southerna

Odcisk genetyczny

Hybrydyzacja typu northern

Reakcja łańcuchowa polimerazy (PCR)

Metoda odwrotnej reakcji PCR (IPCR). Oznaczanie sekwencji oskrzydlających gen

Amplifikacja całego genomu (WGA)

Charakterystyka regionów DNA o częściowo znanej strukturze

Klonowanie produktów PCR

Identyfikacja transformantów bakteryjnych metodą kolonijnej reakcji PCR

PCR w czasie rzeczywistym

Synteza cDNA na matrycy całkowitego RNA

Przygotowywanie i przeszukiwanie bibliotek cDNA

Biblioteki DNA konstruowane z minimalnej ilości materiału

Wykrywanie mutacji punktowych i polimorfizmu DNA metodą SSCP

Wykrywanie mutacji metodą heterodupleksów

Wykrywanie mutacji metodą DHPLC

PCR multipleks

Wykrywanie delecji i duplikacji metodą MLPA

Analiza powtórzeń minisatelitarnych w DNA

Analiza powtórzeń dinukleotydów (CA)n

Analiza powtórzeń trinukleotydów

Poszukiwanie powtórzeń trinukleotydów w genomie człowieka

Analiza powtórzeń tetranukleotydów

Badania DNA w medycynie sądowej

Przykłady genotypowań

Poszukiwanie markerów cech użytkowych metoda RAPD-PCR

Test terminacji translacji (PTT)

Analiza międzygatunkowej homologii DNA i białka

Archeologia molekularna

Analiza sekwencji mitochondrialnego DNA z materiału wykopaliskowego


Sekwencjonowanie DNA

Sekwencjonowanie DNA - elektroforeza płytowa

Sekwencjonowanie DNA – elektroforeza kapilarna

Pirosekwencjonowanie – sekwencjonowanie w czasie rzeczywistym

Analiza asocjacji w poszukiwaniu genów chorób uwarunkowanych wielogenowo

Analiza uwarunkowań genetycznych sportowców

Porównanie ekspresji genów na poziomie transkrypcji metodą różnicową

Ocena ekspresji genów z zastosowaniem mikro- i makromacierzy cDNA

Ekspresja eukariotycznych genów w bakteriach

Ukierunkowana mutageneza z zastosowaniem megastartera

Analiza modyfikowanych nukleozydów metodą chromatografii cienkowarstwowej

Analiza metylacji DNA

Mapowania genów z zastosowaniem fluorescencyjnej hybrydyzacji in situ (FISH)

Przyżyciowe wykrywanie apoptozy w komórkach somatycznych

Analiza pęknięć nici DNA metodą elektroforezy pojedynczych komórek (comet assay)

Wykrywanie fragmentacji DNA metodą TUNEL

Analiza aberracji chromosomowych w chorobach nowotworowych metodą porównawczej hybrydyzacji genomów (CGH)

Metoda array-CGH

Literatura:

Analiza DNA – Teoria i Praktyka, 2008 pod redakcją Ryszarda Słomskiego Praca zbiorowa Wydawnictwo Uniwersytetu Przyrodniczego w Poznaniu ISBN 978-83-7160-496-6

Markery Molekularne - John C. Avise Wydawnictwo Uniwersytetu Warszawskiego 2008 ISBN 978-83-235-0554-9

Genetyka medyczna - Edward Tobias, Michael Connor, Malcolm Ferguson-Smith Wydawnictwo Lekarskie PZWL ISBN:9788320044492, 3013

Biologia molekularna w medycynie, 2015 pod redakcją Jerzego Bala, PWN ISBN 8301147037

Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest UNIWERSYTET ŁÓDZKI.
kontakt deklaracja dostępności USOSweb 7.0.3.0-0